Có hai tầng chính trong bảo tàng, tầng trệt và lầu một. Ở tầng trệt có một bộ sưu tập lớn các mảnh giấy cói và tiền xu được sử dụng trong thế giới cổ đại. Nhiều mảnh giấy cói chủ yếu là những mảnh nhỏ do sự phân rã của chúng trong hai thiên niên kỷ qua. Một số ngôn ngữ cổ đại được tìm thấy trên các mảnh giấy này, bao gồm tiếng Hy Lạp, tiếng Latin, tiếng Ả Rập và tiếng Ai Cập cổ đại. Các đồng tiền xu được tìm thấy trên tầng này được làm từ nhiều kim loại khác nhau, bao gồm vàng, bạc và đồng. Các đồng tiền không chỉ là của Ai Cập, mà còn là Hy Lạp, La Mã và Hồi giáo. Điều này đã giúp các nhà sử học nghiên cứu lịch sử ngành thương nghiệp của Ai Cập cổ đại.

Ngoài ra ở tầng trệt là những cổ vật từ Tân Vương quốc, trong khoảng thời gian từ năm 1550 đến 1069 trước Công nguyên. Những cổ vật này thường có kích thước to lớn hơn các cổ vật được tạo ra trong các thế kỷ trước. Những hiện vật này bao gồm các bức tượng, bàn và quan tài (sarcophagi). Nó cũng bao gồm 42 phòng, khi đi qua khu vực kiểm tra an ninh trong tòa nhà, nhìn thẳng về phía đối diện và phía sau tòa nhà, sẽ thấy nhiều hiện vật nhìn từ sarcophagi, thuyền đến những bức tượng bằng đá khổng lồ.

Trên tầng một của bảo tàng trưng bày các cổ vật từ hai vương triều cuối cùng của Ai Cập, bao gồm các vật thể từ lăng mộ của các pharaon: Thutmosis III, Thutmosis IV, Amenophis II, Hatshepsut, và triều thần Maiherpri, cũng như nhiều cổ vật từ Thung lũng các vị Vua, đặc biệt là các tài liệu còn sót lại từ ngôi mộ nguyên vẹn của vua Tutankhamun và Psusennes I. Trong bảo tàng còn có hai căn phòng đặc biệt dùng để chứa một số xác ướp của các vị vua và các thành viên hoàng tộc khác của Tân Vương quốc. Theo quy định của bảo tàng, du khách đến tham quan hai căn phòng này không được quay phim hay chụp hình.